RESUMO: O objetivo deste trabalho foi apresentar as matrizes dos coeficientes técnicos, o custo de produção e a rentabilidade das culturas de soja convencional e transgênica, na região de Assis, Estado de São Paulo, na safra 2006/07. Foram utilizadas estruturas do custo operacional efetivo e custo operacional total referente à fase de implantação e condução da lavoura por unidade de área e cinco indicadores de rentabilidade. Os dados foram coletados junto aos técnicos de cooperativas, Casa da Agricultura e produtores rurais. Concluiu-se que o custo de produção do sistema transgênico, por unidade de área, foi 14,2% inferior ao do sistema convencional e que o custo por unidade produzida foi 6,6% inferior no sistema convencional em relação ao sistema transgênico. O alto preço dos insumos comprometeu a viabilidade econômica nos dois sistemas de produção face à produtividade e ao preço da soja considerado na pesquisa.

Palavras-chave: soja convencional, soja transgênica, custo de produção, indicadores de rentabilidade,sistema de produção.