RESUMO: Este estudo tem por objetivo compreender a construção dos mecanismos institucionais de apoio às atividades de pesquisa presentes nos programas de incentivo à produção e uso dos biocombustíveis no Brasil. Encontra motivação na necessidade de oferecer elementos que possam auxiliar no planejamento e gestão de instrumentos públicos de fomento à ciência e tecnologia com ênfase na produção e uso sustentável dos biocombustíveis. Apóia-se na análise das mudanças do SNCT&I e seus desdobramentos sobre os mecanismos de apoio às atividades de ciência e tecnologia. Os resultados apontam que o marco regulatório do Programa Nacional de Produção e Uso de Biodiesel (PNPB) abriga instrumentos de apoio às atividades de pesquisa, distintos dos então praticados no Programa Nacional de melhoramento Genético de Cana-de-açúcar (PLANALSUCAR). Esses instrumentos refletem a mudança na política nacional de ciência e tecnologia e a necessidade de construção de instituições, vinculadas à RBTB, capazes de priorizar demandas tecnológicas e incentivar a articulação entre os centros depesquisa e a produção de biodiesel.